Descomponen la materia orgánica. Compiten con los microorganismos dañinos. Reciclan los nutrientes para las plantas. Fijan el nitrógeno en el suelo. Degradan las sustancias tóxicas (pesticidas). Producen sustancias y componentes naturales que mejoran la textura del suelo.
Algunos beneficios de los MM se demuestran al incorporarlos como semilla de microorganismos benéficos para descomponer las materias secas y favorecer la fermentación en los abonos orgánicos tipo “bocashi”.
Al igual que en los biofermentos o abonos foliares orgánicos (y en algunos extractos naturales), las funciones principales de los MM son recuperar la vida y salud de los suelos; facilitar la disponibilidad de los nutrientes a las plantas; suprimir o controlar microorganismos que causan enfermedades en los cultivos, y realizar un control biológico de plagas.